Population Finder fra FamilyTreeDNA

[Vidar Sigurd Øverlie]

FamilyTreeDNA har nå utvidet sin autosomale Family Finder test til også å inkludere et resultat som de kaller Population Finder. Population Finder er i beta-versjon og angir i meget grove trekk hvilke geografiske områder anene kom fra. I mitt tilfelle ble resultatet 100% Europeisk som også stemmer veldig bra med min dokumenterte anetavle. FamilyTreeDNA oppgir varierende nøyaktighet på disse resultatene. Er det noen som har fått et overraskende Population Finder resultat?

Emily Aulicino skriver mere om Population Finder i sin meget informative blogg DNA - Genealem's Genetic Genealogy.


mvh
Vidar

[Anne M. Berge]

Ah, endelig er den ute, om enn i beta - har logget inn og sett etter den i det siste.

Vi har to FF-tester i familien så langt, den ene er 100,00% europeisk som forventet, den andre nesten 5% sør-asiatisk/indisk - kan det bety sigøynere/rom-folk et sted bakover? Siden det er beta kommer det vel justeringer og flere basispopulasjoner å sammenligne med.

[Anne M. Berge]

Og der var jammen familiens tredje FF-test ferdig analysert, flere uker før estimert dato! Den er også (som forventet) 100,00% europeisk.

[dn18250]

Jeg har også registrert meg i disse dager i prosjektet med min Family Finder Test
Population Finder forteller meg at jeg har 78.94% fra Vest Europa og 21.06 fra Europa.Hva er forskjellen?
Har prosjektet noe nytte av mitt bidrag?
Jeg har testet meg for Ydna og mtDna tidliger hos SMGF og i YDNA tilhører jeg haplogruppe I1dun

[Anne M. Berge]

Her er en liste over hvilke populasjoner som blir brukt til å estimere etnisk opphav:
https://www.familytreedna.com/faq/answe ... id=22#1039

Europe
Northeast European
Finnish
Russian/Caucasus
Adygei
Russian
Southeast European
Romanian
Southern European
Italian
Sardinian
Tuscan
Western European
Basque
French
Orcadian
Spanish

Alt dette er fra seriøs forskning, og de fleste resultatene kommer fra Human Genetic Diversity Project ved University of Stanford, som ikke eksisterer lenger - forskningen ble muligens avbrutt fordi man var redd for å bli beskylt for rasetenkning. Det fins også noen andre resultater i databasen, men som dere ser på listene er det ingen fra Skandinavia, og ingen fra de britiske øyer generelt. Det nærmeste er "Orcadians" altså Orknøyene, hvor befolkningen er en blanding av nordisk og britisk/keltisk.

Når du får høyere "treff" med en vest-europeisk befolkning betyr det at det er større likhet med denne. Generelt "European" forteller bare at det spriker for mye mellom de grupperingene inne Europa som er listet i dag til å plassere nærmere.

Det vi trenger er mer forskning på skandinavisk DNA. Det er flere innen DNA-forumene som etterlyser nettopp en skandinavisk referansegruppe.

Denne testen tar utgangspunkt i de ca 500 000 autosomale SNPs fra Family Finder testen, og Y-DNA og mt-DNA har altså ikke noe å si for utfallet.

[Anne M. Berge]

Her er eksempel på hvordan resultat kan se ut:



Funksjonen er i beta-versjon ennå, og det kan skje endringer framover.

Det sørasiatiske innslaget har vi ikke funnet ut av.

[dn18250]

Jeg spør kanskje vanskelig, men hvorfor er ikke Tyskland og England(Britiske) og andre Europeiske land nevnt i Europa grupperingene?

[Anne M. Berge]

Du spør ikke vanskelig

Det er rett og slett fordi ingen ennå har forsket på (dvs publisert forskningsresultater i vitenskapelig tidskrift) for flere folkegrupper enn de vi ser på listen. Vi trenger altså flere forskningsgrupper som gjør dette - ordentlig - og da vil FTDNA og lignende kunne anvende dette i sine beregninger.

For de i min familie som er "vanlig norske" kommer vi som sagt opp som "europeiske" - og det visste vi jo. Men forbedringer, ny forskning og oppgraderinger skjer kontinuerlig. Vi må ikke glemme at dette er en ung vitenskap.

[dn18250]

Anne,

Du skriver at de i din familie som er vanlig norske kommer opp som Europeiske.

De fleste jeg kjenner til i min slekt er norske, men alikevel blir min andel Duropeisk kun på 21%
Jeg har 5 svenske tipp oldeforeldre og en dansk 2xtippoldefar og resten ifra Norge

Jeg stiller spørsmål om hvorfor jeg kommer opp med så høy andel som 79% Vest europeisk da Norge ikke er medtatt der men kommer inn under Europeisk hvor jeg har 21%?

Hvor langt tilbake i tiden ligger beregningene for Population Finder?
Jeg må ha gamle aner til Vest Europa som jeg ikke idag.

[Anne M. Berge]

Population Finder-analysen er ennå i beta-versjon (og de vil gjerne ha tilbakemeldinger fra brukerne) så vi må ta mye av det med en klype salt foreløpig.

Men dette er det vi vet:

De europeiske kategoriene vil nok finjusteres, og flere har etterlyst populasjoner i midtre del av Europa og Skandinavia. Grunnen til at de ikke er med er altså at ingen har gjort forskning på nettopp dette ennå (se over).

Vesteuropeisk defineres av fire populasjoner:
* Baskisk
* Fransk
* Orcadian (Orknøyene)
* Spansk

Orcadian er både "langt vest" (i denne sammenheng) og typisk britisk-keltisk med nordiske innslag, så det vil nok være en del nordmenn som treffer denne gruppen.

Nordøsteuropeisk defineres av finsk og er også ganske lik den nordiske befolkningen.

Dette vil si at mange "typiske" nordmenn med en genetisk sammensetning et sted mellom "finsk" og "orknøyisk" vil ende som en blanding mellom vesteuropeisk og nordøsteuropeisk - og altså bli plassert som "europeisk" i denne foreløpige versjonen.

Generelt er det også et faktum at den europeiske befolkning ikke består av avgrensede folkegrupper, men av mange lignende og beslektede grupper, så en fullstendig nøyaktig analyse vil være komplisert.

Angående den "indiske" delen av testen vist i figuren over, fikk jeg følgende svar fra Professor Doug McDonald, som er ekspert på feltet og spesielt opptatt av denne typen etnisk bestemmelse:

Those small numbers may indeed mean a bit of one of those you mention above [Roma, Italian or other southern European] ... BUT they may also just mean a small "pull" in that direct from the main constituent.

(Svært mye mer på engelskspråklige DNA-forum her.)

Litt mer konkret forklart betyr det at testen viser ca 95 % samsvar med den vesteuropeiske typen (det fins bl a et skotsk innslag, så Orkney slår nok sterkt ut) men det er også en del som er svært forskellig og som "drar" i sør-østlig retning fra Orknøyene. Dette vises foreløpig som "indisk" men betyr altså egentlig at det er noe som ikke er vesteuropeisk her, men mer østlig. Jeg gjetter for øyeblikket på at den reelle sammensetningen her vil være lavere % vesteuropeisk og ganske høy % nordisk. Om vi skulle finne noe mer sørlig i anerekken senere vil vi ha en viss støtte for dette i gentesten.

Tidsspennet for Family Finder og dermed også Population Finder-funksjonen er ca 5-6 generasjoner, men som vi vet ut fra treff med andre, så vil enkelte segmenter kunne arves uforandret fra felles aner mye lenger tilbake enn det. Så den estimerte etnisiteten skal i utgangspunktet si noe om gjennomsnittet for dine 3.tippoldeforeldre, men kan ha innslag fra enkelte linjer mye lenger bak, siden autosomene rekombinerer og altså "arves uregelmessig" fra de forskjellige tipptippene.

[dn18250]

For meg er det fortsatt et mysterium hvorfor jeg kommer opp med så mye Vest Europeisk da hverken norske, Svenske eller finske aner kommer inn der? Noe via Orknøyene?

Jeg mangler fire personer blant tre ganger tipp, men de kan jeg med stor sikkerhet si var norske da barna ble født i Gausdal og het Ole Monsen og Marthe Christensdatter.
Av de resterende 64 er to danske, 20 svenske og resten norske.
Finske aner har jeg en del av tilbake i tiden. Det ser jeg av navnene Henrik, Pål, Annika m.flere som kun finnene brukte på 1600 tallet i Vermland. Men mine finske aner går vel under Europa.

Anene som jeg har ifra det sydlige Sverige er trolig de som kommer ifra Tyskland og andre land i Vest Europa. Det er akkurat der jeg håper på å få hjelp av min Family Finder test til å finne far og forfedrene til en anmoder som ble født uekte i Blekinge i 1788 og jeg har noe på gang med personer i Sverige.

[Anne M. Berge]

For dem som har lyst til å teste flere slektninger osv for å få mer informasjon som kan brukes i sporing av aner og opphav, anbefales å følge med og se etter spesialtilbud, som ofte kommer i forkant av sommerferie, Thanksgiving og jul - og lignende.

[Anne M. Berge]

Med overgangen fra testing via Affymetrix til Illumina kommer også en utvidelse av referansegruppene som brukes for Population Finder-delen.

Det er også publisert helt ny forskning på den svenske befolkning, nettopp med testing via Affymetrix og Illumina chips.

Hovedresultatene er at det er store forskjeller mellom Sør-Sverige og Nord-Sverige, og at det innad i Nord-Sverige er mange flere forskjeller enn innad i Sør-Sverige.

Hele artikkelen her, via PLoS ONE.

Om resultatene herfra vil bli tatt med i Population Finder vet jeg ikke, men vi skandinaver får håpe det, siden det trolig vil gi oss mye mer spesifikke resultater.

[gj13330]

Nye Population Finder er på plass for Illumina på FTDNA. Muligheten for å laste ned rådata og resultater ble også lagt til i dag.

[dn24975]

Spennende! Jeg er "nytestet" så jeg har ikke noen tidligere Affymetrix-resultater å sammenlikne med.

Jeg tolker mine 78% Orcadian/Western European som "Viking-gener", de resterende 22% som innvandring fra øst. Er dette en rimelig fortolkning?

[Anne M. Berge]

Asbjørn, dine resultater er typiske for nordmenn med en andel finsk opphav - eller en blanding av svensk/finsk/østeuropeisk sammen med det andre norske. Du havner dermed genetisk i et mer utstrakt område enn dem med mer konsentrert norsk/britisk opphav.

Nordmenn med mer vestlandsk opphav ser ut til å havne i Orkney-gruppen, som jo er en kombinasjon av britisk og skandinavisk (trolig mest norsk), se bilde.

Siden det ikke fins skandinavisk referansegruppe, eller britisk, tysk, polsk osv, blir vi sammenlignet med fransk, orkney, finsk og russisk (og søreuropeisk) - og så havner vi litt mellom. Dette er fremdeles en "beta" og det er mange som er misfornøyde med hvordan de slår ut, hvordan det blir vist. Vi regner med at dette utvikles framover.

[gj13330]

Jeg har fått oppdatert min Population Finder nå, så kanskje dette har skjedd med flere?

En annen ting... PF har tydeligvis ingen data fra Norge (jeg er nå 99,11% vesteuropeer, men kartet har uthevet Storbritania). Er dette noe Norgesprosjektet kunne hjulpet FTDNA med?

[Anne M. Berge]

FTDNA bruker kun data fra publisert peer reviewed forskning i sine referansegrupper, og med mindre noen har et par millioner å donere til anerkjente forskere som vil gjøre noe sånt her i landet er det ikke mye vi får gjort.

For øyeblikket fins ingen referansegruppe/sammenligning med folk fra Skandinavia, Tyskland, Nederland, Polen, så vi blir "målt" mot disse:
* Finnish
* Russian
* Basque
* French
* Orcadian (Orkney Islands)
* Spanish

Siden befolkningen på Orkney består av en britisk-skandinavisk miks er dette den som er nærmest for de fleste.

Doug McDonald og andre eksperter mener det er svært svært vanskelig å finne genetiske skiller innen de folkegruppene som mangler i det sentrale Europa, så det er ikke sikkert vi får det mer nøyaktig enn dette på lenge.

Den svenske undersøkelsen (lenke lenger opp) er visst ikke tatt med i prosjektet, og flere av "amatør-ekspertene" som driver med dette og er aktive i fora klager over at de får europeiske forskningsprosjekter som fins på autosomalt DNA vokter sine data alt for godt, og de er altså ikke tilgjengelige for alle som kunne tenke seg å utvikle denne type testanalyse.

For mer informasjon fins Doug McDonald's BGA-analyse, Eurogenes og Dodecad-prosjektene, der man kan sende inn sine rådata for ev mer detaljerte resultater.

[dn18250]

Jeg har lastet ned mine filer fra Family Finder til GEDmatchc.com og ved å søke på X-DNA Comparison har jeg fått treff med flere.

Med en person har jeg fått følgende resultater:

Chr SPN's Start possition End possition Cenetic Dist(CM
X 428 240580 2787985 6.81

Hva sier tallene og hva gir det meg?
Kan jeg si til meg selv at jeg har en felles anmoder med vedkommende der ute i fortiden?

[dn18250]

Min søsters far født i 1921 har gjennomført Family Finder testen og i Population Finder fremkommer at hun er 67.50% French, Orcadian og 32.50% Russisk, Finsk

Kan jeg tolke det slik at en av hennes 3xtippoldeforeldre har franske aner?

[Anne M. Berge]

Min søsters far født i 1921 har gjennomført Family Finder testen og i Population Finder fremkommer at hun er 67.50% French, Orcadian og 32.50% Russisk, Finsk

Kan jeg tolke det slik at en av hennes 3xtippoldeforeldre har franske aner?

Nei.

Det betyr bare at når man sammenligner hennes resultater med referansegruppene så matcher hun 67,5 % med gruppene fra Orkney og Frankrike, 32,5 % med finsk-russisk og kan ha etnisk "sammensetning" i alle mulige (matematiske) kombinasjoner mellom der.

[dn18250]

McDonald, J. Douglas fremkommer med possible populatiom sets most likely at the top:

Irish =0.779 Russian =0.221 or
English =0.595 Russian =0.405 or
Irish =0.599 Belaros =0.401 or
French =0.423 Lithuania=0.577 or
Irish =0.755 Lithuania=0.245 or
Irish =0.793 Finland =0.207 or
Spain =0.301 Lithuania =0.445 or
English =0.579 Finland =0.421

Det gir vel en pekepinn på fordelingen av min tante's og mine anesteder?

I min analyse fra McDonald fremkommer Irish som to på toppen med 0.839 og 0.844 mot Lithuania og eller er det English mot Lithuania. De øvrige europeiske land fremkommer ikke men
små biter fra Papuan, Hazara, Melanesi, Uygur, S-India. N-India

Min tante har også fått anmerket south Asia på sitt x kromosom mellom Mb 30 til 50 og hva betyr det?

[dn18250]

Korreksjon: Spain=0.301 Lithuania=0.699

[dn18250]

Korreksjon: Spain=0.301 Lithuania=0.699

[dn28383]

Fikk 99.62% "west european (orcadian)".

Er kvart østerrisk, og har masse finnskogslekt på farmorsiden.